高效的药用植物穿心莲组蛋白ChIP-seq的建库方法

时间：2023-11-06 点击：5983

2023年6月，中国科学院庐山植物园黄铭坤与中国中医科学院中药研究所孙伟团队以共同通讯在 Medicinal Plant Biology 上发表了题为Establishment of a convenient ChIP-seq protocol for identification of the histone modification regions in the medicinal plant Andrographis paniculate的论文，报道简便高效的药用植物穿心莲组蛋白ChIP-seq的建库方法。

组蛋白修饰是调控基因转录的一个关键表观遗传因子。在药用植物中，次生代谢物生物合成相关基因（SMBRGs）的转录调控一直是科学家关心的一个问题。然而，在药用植物中，组蛋白修饰如何调控这些重要的SMBRGs基因，目前报道非常少。这一大部分原因在于传统解析组蛋白修饰位点的技术，比如组蛋白染色质免疫共沉淀（Histone ChIP-seq），在药用植物中并没有像其他模式植物（如拟南芥、水稻）普遍的应用，并且在药用植物研究中，目前也缺乏一个系统的实验技术方法（Protocol）作为技术参考开展相关研究。因此，在本研究中，我们利用传统中草药穿心莲（Andrographis paniculata）的叶片作为植物材料，建立了一个高效的、简便的ChIP-seq方法，该方法利用常见的组蛋白H3K27me3修饰抗体对穿心莲基因组中的H3K27me3修饰区域进行富集，最后采用Tn5转座酶的DNA文库构建策略，完成ChIP-seq文库的构建。该方法可在2-3天内完成整个文库的构建。同时，我们相信该方法对其他药用植物组蛋白修饰的研究具有重要的借鉴意义。

中国科学院庐山植物园的黄铭坤副研究员、北京中国中医科学院中药研究所孙伟研究员为该论文的共同通讯作者。中国科学院庐山植物园张玲副研究员为论文的作者，中国科学院庐山植物园胡玉芳、王丽萍以及香港中文大学的Wai-Shing Yung博士也参与了该项工作。该项研究得到自然科学基金、中国科学院庐山植物园专项启动基金的资助。

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